Il Gran Priorato è posto sotto l'egida del Gran Priore-Gran Maestro Nazionale. Al suo fianco il Vice Gran Priore, il Gran Cancelliere e il Gran Tesoriere. Insieme formano il comitato direttivo.

Il Comitato Direttivo ha il compito di guidare l'agenda, gestire il GPIH, preparare la celebrazione delle Festività annuali, che si svolgono generalmente in primavera ed organizzare i due Grandi Capitoli Elvetici in primavera e in autunno.
Cura anche la buona sintonia tra le Prefetture e garantisce i legami di amicizia con gli altri Gran Priori e con i rappresentanti dei riti amici.

Il Gran Capitolo elvetico è l'organo supremo composto invariabilmente da 27 membri chiamati Gran Capitolari.
Il Direttorio svizzero è l'organo esecutivo ed è composto dal Gran Priore-Gran Maestro Nazionale, dal Vice Gran Priore, dal Gran Cancelliere, dal Gran Tesoriere e dai Prefetti.