Le Grand Prieuré est placé sous l'égide du Grand Prieur-Grand Maître National. A ses côtés, se trouvent le Grand Prieur adjoint, le Grand Chancelier et le Grand Trésorier. Ensemble, ils forment le Comité Directeur.

Le Comité Directeur est en charge du pilotage de l’agenda, de la gestion du GPIH, de la préparation de la Fête annuelle qui a lieu généralement au printemps et de l'organisation des deux Grands Chapitres Helvétiques du printemps et de l'automne.
Il veille également à la bonne harmonie entre les Préfectures et est garant des liens d'amitié avec les autres Grands Prieurés et les rites amis.

Le Grand Chapitre Helvétique est l’organe suprême composé invariablement de 27 membres appelés Grands Capitulaires.
Le Directoire Helvétique est l’organe exécutif et est formé du Grand Prieur-Grand Maître National, du Grand Prieur adjoint, du Grand Chancelier, du Grand Trésorier et des Préfets.