Das Großpriorat steht unter der Ägide des Großpriors – Nationaler Großmeister. An seiner Seite stehen der Zugeordnete Grossprior, der Großkanzler und der Großschatzmeister. Gemeinsam bilden sie den Direktoriums Ausschuss.

Der Direktoriums Ausschuss ist verantwortlich für die Steuerung der Agenda, die Verwaltung des UGPH, die Vorbereitung des Jahresfest, das in der Regel im Frühjahr stattfindet, und die Organisation der beiden Helvetischen Grosskapitel von Frühling und Herbst. Er sorgt auch für die richtige Harmonie zwischen den Präfekturen und ist Garant der Freundschaft mit den anderen Großprioraten und den befreundeten Riten.

Das Helvetische Großkapitel ist das höchste Organ, das sich aus 27 Mitgliedern zusammensetzt, die Großkapitulare genannt werden.
Das Helvetische Direktorium ist das Exekutivorgan und besteht aus dem Großprior- Nationaler Großmeister, dem Zugeordnete Grossprior, dem Großkanzler, dem Großschatzmeister und den Präfekten.